在2006年的德国世界杯上，拜仁慕尼黑的球员最多，共有13名球员参加了这次世界杯。这些球员包括门将曼努埃尔·施罗德、后卫费里克·马丁内斯、后卫费尔南多·加拉塔、中场萨尔瓦多·马蒂尼、中场施特劳斯·埃文斯、中场罗伯特·克拉夫特、中场斯蒂芬·克罗斯、前锋米利安·波罗斯、前锋西蒙·恩里克、前锋马尔库斯·马拉多纳、前锋托马斯·穆勒以及前锋罗伯特·梅克。在2006年的世界杯赛上，德国队以3：1的比分击败了西班牙队，夺得了本届世界杯的冠军。这些拜仁球员在德国队的发挥也起到了非常关键的作用，使得德国队取得了本次世界杯的冠军。